Về mặt địa chất, vùng lãnh thổ của Indonesia, là quần đảo, là nơi gặp nhau của 3 mảng địa chất lớn: Mảng Á-Âu, Mảng Ấn-Úc, Mảng Thái Bình Dương. Quần đảo Indonesia được hình thành như ngày nay là nhờ vào sự tan chảy của băng vào thời kỳ băng hà xảy ra khoảng 10000 năm trước.

Tại giai đoạn Thế Pleistocen, quần đảo này vẫn còn gắn liền với lục địa châu Á đã chứng kiến dòng người định cư đầu tiên. Bằng chứng cho sự hiện diện, cư trú tại đây là những hóa thạch của người Homo Erectus Java khoảng từ 2 triệu đến 500.000 năm trước. Khám phá về người Homo floresiensis tại Liang Bua, Flores đã đưa ra giả thuyết có khả năng sự tồn tại của người H. Homo đến cuối kỷ băng hà.

Homo sapiens được cho rằng đã đến vùng quần đảo này khoảng 100.000 năm trước bằng cách men theo dải bờ biển của lục địa châu Á từ vùng Tây Á và đến khoảng 60.000-70.000 năm trước đã tới được New Guinea và Australia. Họ với đặc tính da ngăm đen, tóc xoăn là tổ tiên của người bản xứ của quần đảo Melanesia (bao gồm cả Papua).